Actinobactéries
Les actinobactéries forment un vaste embranchement de bactéries à Gram positif dont l’ADN est riche en guanine et en cytosine. Elles regroupent notamment les anciens « actinomycètes ». Présentes dans les sols, les eaux, les aliments fermentés et le corps humain, elles comptent à la fois de précieux auxiliaires, producteurs d’antibiotiques ou ferments fromagers, et des agents de maladies graves comme la tuberculose.
Des bactéries qui ressemblent à des champignons
Le nom d’actinomycète vient du grec aktis (rayon) et mukês (champignon). Il rappelle que certaines espèces, comme les Streptomyces, poussent sur un milieu solide en formant des filaments ramifiés, une sorte de mycélium, et produisent des spores en chaînes. Cette ressemblance avec les champignons est une convergence de forme : les actinobactéries sont de vraies bactéries, sans noyau, dont la parenté a été établie par l’étude des séquences du gène de l’ARN ribosomique 16S. D’autres espèces restent unicellulaires, en bâtonnets ou en coques.
Leurs points communs sont surtout moléculaires : une paroi qui retient le colorant de la coloration de Gram, et une forte proportion de bases G et C dans le génome, qui les distingue des autres bactéries à Gram positif réunies dans le groupe des firmicutes.
Des acteurs majeurs de la vie des sols
Dans le sol, les actinobactéries décomposent des matières organiques résistantes, comme la cellulose ou la chitine, et participent ainsi au recyclage des éléments nutritifs. L’odeur de terre mouillée après la pluie est due en grande partie à la géosmine, une molécule produite par des Streptomyces. Le genre Frankia vit en symbiose dans des nodosités sur les racines de certains arbres, comme l’aulne, et fixe l’azote de l’air au profit de la plante.
Une source d’antibiotiques
Les Streptomyces sont à l’origine d’une grande partie des antibiotiques d’origine naturelle utilisés en médecine. La streptomycine, isolée en 1943 dans le laboratoire de Selman Waksman à partir de Streptomyces griseus, fut le premier antibiotique actif contre le bacille de la tuberculose ; Waksman reçut le prix Nobel de médecine en 1952. D’autres familles d’antibiotiques, comme les tétracyclines, proviennent également d’actinobactéries.
Dans notre alimentation et dans notre corps
- Les bifidobactéries (Bifidobacterium) font partie des premières bactéries qui colonisent l’intestin du nourrisson, en particulier lorsqu’il est allaité.
- Les bactéries propioniques (Propionibacterium freudenreichii) produisent le gaz carbonique qui forme les « yeux » de l’emmental et contribuent à son goût.
- Brevibacterium linens colore et parfume la croûte de fromages à croûte lavée.
- Sur la peau humaine vit Cutibacterium acnes, impliqué dans l’acné.
Des espèces pathogènes
Plusieurs maladies majeures sont dues à des actinobactéries :
- Mycobacterium tuberculosis, agent de la tuberculose humaine, identifié par Robert Koch en 1882 ;
- Mycobacterium leprae, agent de la lèpre ;
- Corynebacterium diphtheriae, agent de la diphtérie ;
- les Actinomyces et les Nocardia, responsables d’infections plus rares, l’actinomycose et la nocardiose.
Le groupe illustre ainsi la diversité du monde bactérien : une même lignée évolutive fournit des médicaments, des aliments et des agents infectieux. Sa classification évolue régulièrement au fil du séquençage de nouveaux génomes, et le nombre d’espèces décrites ne cesse d’augmenter.
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