Eubactéries
Description générale
Les eubactéries sont des organismes à structure procaryote, c’est-à-dire sans noyau individualisé. Ce groupe rassemble la plupart bactéries que la microbiologie classique a mises en évidence (microbiologies médicale, de l’agroalimentaire, des sols…). Les formes et tailles des eubactéries sont très variées. Les mycoplasmes, parmi les plus petites, ont la taille d’un grand virus, 0,3 jxm de diamètre ; récemment, on a décrit des nanobactéries de 0,05 jxm. La plus grande eubactérie connue, Epulopisciumfishelsoni, 600 um par 80 um, symbiote de l’intestin d’un poisson-chirurgien, est plus longue qu’une paramécie. Chez les eubactéries, les voies métaboliques fournissant l’énergie chimique nécessaire à la vie des cellules sont extrêmement diversifiées.
Écologie
Tandis que la diversité des formes reste modeste comparée à celle des eucaryotes, la diversité des ressources énergétiques et des voies métaboliques est incomparablement plus grande. Les eubactéries chémoautotrophes sont capables, en absence de tout composé organique et de toute lumière solaire, de tirer leur énergie en oxydant des composés chimiques minéraux. En présence de molécules simples telles que des sels azotés, du dioxygène, du dioxyde de carbone, certaines eubactéries oxydent des nitrites, des nitrates, ou même l’ammoniaque en nitrite. D’autres oxydent le méthane en méthanol, d’autres encore des sulfites, sulfides ou thiosulfate sulfate.
Ces cellules eubactériennes sont d’une grande importance pour les cycles de l’azote, du soufre et du carbone dans la biosphère, car elles convertissent des gaz et des sels minéraux inutilisables pour la majorité des organismes vivants en composés utilisables. Les eubactéries présentent un éventail très varié de conditions de vie: autotrophie, hétérotrophie, aérobiose stricte ou facultative, anaérobiose stricte ou facultative, photosynthèse. Cette diversité est amplifiée par la multiplicité des composés chimiques servant de substrat, de donneurs ou d’accepteurs d’électrons. Les eubactéries photosynthétiques tirent leur énergie des photons solaires.
Celle-ci est transformée en énergie chimique contenue dans les liaisons des molécules organiques synthétisées. Selon les groupes, la photosynthèse a lieu avec libération de dioxygène ou non. Les cyanobactéries, en très grand nombre au Précambrien (entre – 2,6 et – 0,6 milliard d’années), firent s’élever le taux du dioxygène dans l’atmosphère terrestre de 1% aux 20% actuels. Certaines eubactéries sont hétérotrophes anaérobies fermentatrices. L’état hétérotrophe signifie que la cellule tire son énergie de molécules organiques déjà constituées.
Les eubactéries sont des êtres vivants très importants, car elles sont à la base de la pyramide écologique de par leur diversité métabolique, leur possibilité de
croître dans les milieux les plus hostiles, sans air, sans lumière. Elles interviennent dans les premières étapes de la formation d’un sol, avant même qu’aucune plante ne puisse s’installer. Elles sont source de nourriture pour beaucoup d’unicellulaires eucaryotes et de petits métazoaires. Elles sont symbiotes du tube digestif des vertébrés et même du cytoplasme des eucaryotes unicellulaires ; les mitochondries et les chloroplastes des cellules eucaryotes sont des eubactéries. Elles sont parasites, parfois pathogènes, chez les plantes et chez les animaux (chez l’homme: choléra, typhus, peste…). Les eubactéries ont une importance cruciale dans le recyclage de la matière organique (dégradation des cadavres et des excréments…).
Quelques caractères dérivés propres
Les eubactéries possèdent une paroi cellulaire de peptidoglycane contenant de l’acide muramique. Celles qui n’en ont pas l’ont perdue secondairement.
■ L’ARN de transfert initiateur de la traduction porte une N-formylméthionine.
■ Les phylogénies moléculaires basées sur des molécules différentes, ARN polymérases, ARN ribosomiques, facteurs d’élongation: EF-TU, EFl-a, sous-unité P de l’ATPase, soutiennent la monophylie des eubactéries.