Flavobactéries (cytophagales)
Les flavobactéries sont des bactéries en forme de bâtonnets, à Gram négatif, dont les colonies sont le plus souvent colorées en jaune ou en orange, d’où leur nom, tiré du latin flavus, « jaune ». Leur genre de référence est Flavobacterium. Longtemps rangées avec les cytophagales, elles sont aujourd’hui classées dans l’ordre des Flavobacteriales, au sein du grand groupe des Bacteroidota (anciennement Bacteroidetes).
Description
Les cellules sont des bâtonnets aux extrémités arrondies, d’environ un demi-micromètre de large sur un à quelques micromètres de long. Elles ne possèdent pas de flagelle. Beaucoup d’espèces se déplacent pourtant à la surface des supports par un mouvement de glissement : Flavobacterium johnsoniae est même l’un des organismes modèles pour l’étude de ce mode de déplacement. La couleur jaune ou orangée des colonies est due à des pigments, notamment des flexirubines et des caroténoïdes. Les génomes de plusieurs espèces ont été séquencés.
Classification
Le groupe des cytophagales réunissait autrefois des bactéries glissantes aux caractères voisins (Cytophaga, Flavobacterium, Flexibacter…). Les analyses des séquences de l’ARN ribosomique 16S, puis des génomes, ont conduit à redistribuer ces bactéries entre plusieurs familles et ordres. Les flavobactéries ne se reconnaissent guère à des caractères visibles propres : c’est surtout la comparaison des séquences génétiques qui définit le groupe.
Écologie
Les flavobactéries sont, pour la plupart, aérobies. Elles sont très répandues dans le sol, les eaux douces et les eaux marines, où elles participent à la dégradation de molécules complexes comme la chitine ou certains polysaccharides. On les trouve aussi sur les aliments crus, dans le lait et les produits laitiers ; certaines espèces se développent au froid et contribuent à l’altération des aliments réfrigérés. Elles sont également présentes dans l’environnement hospitalier.
Dans les océans, les bactéries de la classe des Flavobacteriia, dont font partie les flavobactéries, jouent un rôle majeur après les efflorescences de phytoplancton : elles décomposent les grandes molécules de sucres produites par les algues et participent ainsi au recyclage de la matière organique. Cette aptitude à dégrader des polymères complexes intéresse aussi la recherche appliquée, qui étudie leurs enzymes.
Espèces pathogènes
La plupart des flavobactéries sont inoffensives, mais certaines sont pathogènes :
- Flavobacterium psychrophilum provoque chez les salmonidés d’élevage, comme la truite arc-en-ciel, la maladie de l’eau froide, responsable de pertes importantes en pisciculture ;
- Flavobacterium columnare est l’agent de la columnariose, une autre maladie des poissons d’eau douce ;
- l’espèce autrefois nommée Flavobacterium meningosepticum, aujourd’hui Elizabethkingia meningoseptica, peut causer des méningites chez le nouveau-né et des infections hospitalières chez les personnes fragiles. Elle est naturellement résistante à de nombreux antibiotiques, ce qui complique le traitement.
Exemples
Flavobacterium aquatile, espèce type du genre, Flavobacterium johnsoniae, Flavobacterium psychrophilum, Flavobacterium columnare.
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